Estepa
La estepa del Parque Nacional presenta una alta adaptación a condiciones de sequedad extrema y a la defensa contra el frío y el viento. Las gramíneas forman matas bajas y compactas, con hojas plegadas, rígidas y cubiertas de espesa cutina que les disminuye la evaporación. Son frecuentes las matas circulares, como el neneo, o también semilunares.


Bosque
Por debajo de la vegetación altoandina, hasta el nivel de los lagos, predominan los bosques de Nothofagus. El límite superior del bosque se encuentra en promedio entre los 1000 a 1100 m de altura.
Hay tres especies de Nothofagus dentro del Parque:
     -La lenga (Nothofagus pumilio)
     -El ñire (Nothofagus antárctica)
     -El coihue o guindo (Nothofagus betuloides)
De éstas, la lenga es la de más amplia distribución y ocupa la mayor proporción de los bosques del área. Se los encuentra generalmente recubiertos de Usnea (líquenes), comúnmente llamado "barba de viejo", debido a su forma de largas cintas que cuelgan de los troncos.
 Los faldeos montañosos que caen hacia los brazos del Lago Argentino están ocupados principalmente por bosques densos y continuos.
En los sectores más occidentales, como los faldeos de los Senos Mayo y Spegazzini, se encuentra el denominado bosque higrófilo magallánico. En estos sectores, desde el nivel de los lagos hasta aproximadamente los 500 m, los bosques se encuentran dominados por el guindo, (Nothofagus betuloides) el cual en los sitios más favorables puede alcanzar los 20 a 30 metros de altura y el metro de diámetro. Acompañando al guindo son frecuentes el canelo, que alcanza de 8 a 12 m de altura y el sauco. En el sotobosque se encuentran varias especies arbustivas.
El estrato herbáceo es abierto y ofrece Uncinia brevicaulis, Valeriana lapathyfolia, Viola maculata y varias especies de gramíneas.
Hay una sola especie de enredadera: Luzuriaga marginata, la que es frecuente en el borde de los arroyos o al pie de los troncos. Philesia magellánica, un arbusto apoyante de vistosas flores rojas, es de distribución muy restringida.


Semidesierto de Altura
Por encima de los 1000 a 1100 m de altura, y hasta los 1500-1600 m (límite inferior de las nieves permanentes) se encuentran los semidesiertos de altura. 
Este tipo de vegetación presenta muy escasa cobertura y predominio de gramíneas xerofíticas y dicotiledóneas en cojín; entre estas últimas son frecuentes los cojines de los géneros Azorella y Bolax. 
En sitios húmedos se forman pequeños prados con vegetación densa, allí son frecuentes las Azorella lycopodioides, Epilobium australe, Epilobium nivale, Alopecurus antarcticus, entre otras especies; acompañadas a menudo por Empetrum rubrum y Marsippospermun cf reichei.
En algunos sitios, inmediatamente por encima del nivel de las lengas achaparradas, se encuentra una faja de vegetación arbustiva más o menos densa dominada por Empetrum rubrum y Pernettya sp.
A diferencia de la vegetación altoandina norpatagónica, están ausentes muchas especies de Mulinum, y en cambio hay muchos elementos subantárticos.


Hierbas y frutos autóctonos.
Ricas y aromática-, las hierbas y frutos de la Patagonia brindan toda su sabiduría y propiedades.
Enebro: Es una especie típica de climas árticos y alpinos. Es muy aromático y de sabor dulce y cálido. En aromaterapia es utilizado para la apatía y tradicionalmente fue considerado un árbol sagrado porque bajo su sombra habría descansado el profeta Elías, según relata la Biblia.
Canchalagua: Muy difundida en el norte de Chubut, esta hierba fue una de las especies medicinales de mayor difusión entre los mapuches. Crece en páramos y parajes fríos. De sabor amargo, las partes utilizadas son las hojas y flores, que son popularmente aplicadas como tringente y tonico
Maqui: Originario del sur andino, el Maqui es un árbol que presenta frutos rojizos oscuros, brillantes y con una pulpa muy sabrosa, en cuyo interior se encuentran dos semillas comestibles. Contiene propiedades antioxidantes, por su alto contenido de polifenoles.
Sauco: Típico de las regiones andino patagónicas, sus flores forman masas tupidas en los extremos de sus ramas. Son muy aromáticas y popularmente utilizadas con agua y azúcar para hacer una bebida tradicionalmente llamada champagne de sauco". 
El Calafate: es un arbusto autóctono de la Patagonía que posee propiedades antioxidantes, debido a que contiene polifenoles.
Los antioxidantes son una fuente de protección para el organismo y mejoran los efectos del paso del tiempo, ya que atrapan los radicales libres que son responsables del envejecimiento celular. Los antioxidantes protegen al organismo de varios desórdenes crónicos y de un medio ambiente contaminado.

"En la Patagonia, allí donde los vientos cantan costumbres de sabios y antiguos pobladores, el fruto del Calafate es protagonista de una milenaria leyenda que relata que quien pruebe sus jugosas bayas será atrapado por un encanto que lo hará regresar una y otra vez al sur. Este fruto encierra todos los secretos de la Patagonia y es ampliamente apreciado por su delicioso sabor."